La spiegazione più accreditata riporta l'origine del caffè macchiato ai bar italiani degli anni '80: i baristi avevano bisogno di un modo rapido per segnalare ai camerieri, durante il servizio, la differenza tra un espresso semplice e uno con una goccia di latte aggiunta su richiesta del cliente. Chiamare quest'ultimo "macchiato", nel senso letterale di "segnato" da quella piccola chiazza di latte, risolveva il problema in un colpo solo, ed è il nome comune rimasto fino ad oggi.
Circolano anche altre versioni più aneddotiche, mai del tutto verificate: una lo fa risalire ai salotti nobiliari torinesi, dove si chiedeva di "macchiare" l'espresso con una goccia di latte per renderlo più delicato; un'altra lo lega ai gondolieri veneziani, che d'inverno mescolavano caffè caldo e latte freddo per scaldarsi durante i turni di lavoro. Sono racconti suggestivi, più vicini al folklore che alla ricostruzione storica, ma fanno parte del fascino che circonda questa bevanda che accompagna il rito del caffè da decenni.